В 1912 году рядом с Ишимом прошла линия Тюмень-Омской железной дороги. Выросший за восточной окраиной города станционный поселок не только значительно увеличил его население, но и определил новую ось градостроительного развития, вдоль самой длинной улицы – Большой Вокзальной. Для удовлетворения духовных нужд железнодорожников уже в 1914 году на станции появляется молитвенный дом, обустроенный трудами священника Богоявленского собора Николая Покровского.
Впоследствии службы совершались уже в новоотстроенной деревянной Покровской церкви. Она была возведена, скорее всего, по образцовому проекту, в духе северорусского деревянного зодчества. На это указывают шатровое завершение колокольни и восьмигранный ярус основного объема храма, который венчают пять маковок с крестами. Церковь долгое время была главным украшением т.н. залинейной части города, иначе называемой Алексеевским поселком.
Ишимский Покровский храм. Фотография нач. XX в.В марте 1916 года преосвященный Сильвестр, епископ Омский и Павлодарский, обратился в Святейший Синод с просьбой о разрешении открыть приход "при имеющемся на станции Ишим... небольшом деревянном храме", с причтом из священника и псаломщика, которых обязалось взять на содержание правление Омской железной дороги. 22 марта того же года на заседании Синода это прошение было удовлетворено; указ вышел 30 апреля 1916 года.В 1930-е годы Покровская церковь оставалась единственной в городе верной Патриарху Тихону.
В конце 1930-х годов храм был закрыт и разорен.
В послевоенное время он стал вторым новооткрытым храмом Ишима. Совершилось это благодаря настойчивым требованиям жителей станции. Назначенный настоятелем священник Михаил Жовняк сумел неустанными трудами за два месяца подготовить разоренный храм, в котором также были выбиты стекла, разобрана и украдена часть пола и потолка, отсутствовали иконостас, иконы, облачения, книги, утварь.
22 декабря 1946 года по благословению преосвященного Варфоломея (Городцова) было совершено освящение храма.
5 августа 1960 года исполком Ишимского горсовета принял решение отвести под строительство квартальной котельной "территорию бездействующей Покровской церкви со всеми находящимися на ней строениями". Исполнительный комитет Тюменского областного совета незамедлительно, 31 августа, удовлетворил ходатайство ишимских властей о разрешении на снос храма.
В эти дни появилась легенда о том, как ишимские железнодорожники в пору яростных гонений на Русскую Православную Церковь ходили к самому Ленину, который якобы подписал пролетарское ходатайство о разрешении собирать средства на достройку станционного храма. Староста церкви на свой страх и риск сделал фотомонтаж из текста соответствующего прошения и факсимиле ленинской подписи. Эта фотография и послужила "охранной грамотой". Никто и никогда не видел подлинного прошения, но староста уверенно заявлял: "Не могу показать, очень ветхая, а вот как начнете разрушать храм, настоящую грамоту в Москву отправлю...". Храм остался цел и невредим.
В начале 1980-х годов был произведен капитальный ремонт храма: заново обшиты стены, перекрыта кровля, устроены новые резные крыльца, переделан иконостас, а также надстроены хоры в западной части. Деятельное участие в оформлении храма тогда принимал блаженный Геннадий - известный всему городу юродивый, чрезвычайно одаренный художник-орнаменталист. По его эскизу были изготовлены кованые узоры на новых воротах церковной ограды.
Святыни
Киотное стекло иконы Спаса Нерукотворного с отображенным на нем ликом Спасителя. Ишимский Покровский храм, 2002 год. 17 октября 2002 года прихожане стали свидетелями необычного явления - на обратной стороне киотного стекла иконы Спаса Нерукотворного, долгие годы лежавшего на правом аналое у алтаря, проявилось белесое изображение лика Спасителя, обратное (как негатив) живописному. В храм стали стекаться паломники, некоторые свидетельствовали о чудесных явлениях, происходивших после молитвенного обращения к образу. Епархиальный совет Тобольско-Тюменской епархии официально признал это событие чудом.